Desde a primeira carga de alimento a congelar, o armazenamento deve ser efetuado em lotes que não excedam 5% da capacidade do freezer e com intervalo de 12 a 24 horas entre um lote e outro. Um freezer de 280 litros, por exemplo, só deve receber 14 quilos de alimentos de cada vez.
Os alimentos devem ir para o freezer já resfriados, sendo primeiramente colocados em contato com as placas frias, podendo ser empilhados depois de congelados. Ao recarregar o freezer, não encoste os alimentos frescos aos já congelados.
Registrar por escrito o estoque de alimentos, anotando as retiradas, e utilizar cada compartimento para um determinado tipo de produto facilita o controle de estoque e o manuseio dos alimentos.