Desde la primera carga de alimento a congelar, el almacenamiento debe efectuarse en lotes que no superen el 5% de la capacidad del congelador y con un intervalo de 12 a 24 horas entre un lote y otro. Un congelador de 280 litros, por ejemplo, sólo debe recibir 14 kilos de alimentos a la vez.
Los alimentos deben ir al congelador ya resfriados, siendo primero colocados en contacto con las placas frías, pudiendo ser apilados después de congelados. Al volver a cargar el congelador, no cubra los alimentos frescos a los ya congelados.
Registrar por escrito el stock de alimentos, anotando las retiradas, y utilizar cada compartimiento para un determinado tipo de producto facilita el control de stock y el manejo de los alimentos.