Dal primo carico di alimenti da congelare, lo stoccaggio deve essere effettuato in partite che non superino il 5% della capacità del congelatore e tra 12 e 24 ore tra un lotto e l'altro. Un congelatore di 280 litri, ad esempio, dovrebbe ricevere solo 14 chili di cibo alla volta.
Il cibo deve andare al freezer già raffreddato, essendo prima messo in contatto con le piastre fredde e può essere impilato dopo essere stato congelato. Durante la ricarica del congelatore, non toccare gli alimenti freschi con quelli già congelati.
La scrittura dell'inventario alimentare per iscritto, annotando i prelievi, e l'utilizzo di ciascun compartimento per un determinato tipo di prodotto facilita il controllo del magazzino e della manipolazione degli alimenti.